Das Ministerium für Verkehr ist als oberste Verkehrsbehörde auch für den Bau und Betrieb der nichtbundeseigenen Eisenbahnen, Straßenbahnen und Seilbahnen zuständig.
Nichtbundeseigene Eisenbahnen
In Baden-Württemberg gibt es zahlreiche nichtbundeseigene Eisenbahnverkehrs- und Eisenbahninfrastrukturunternehmen. Die Infrastruktur der nichtbundeseigenen Eisenbahnen umfasst rund 860 Kilometer öffentliche Eisenbahnstrecke sowie Eisenbahnanlagen in Binnenhäfen, in Anlagen des kombinierten Verkehrs sowie rund 340 nichtöffentliche Gleisanschlüsse von Industrie- und Gewerbebetrieben.
Das Ministerium für Verkehr erteilt für nichtbundeseigene Eisenbahnen in Baden-Württemberg die nach § 6 Allgemeines Eisenbahngesetz (AEG) erforderlichen Genehmigungen zum Betreiben einer Eisenbahninfrastruktur bzw. zum Erbringen von Eisenbahnverkehrsleistungen. Neben der Durchführung der gesetzlichen Aufsicht berät und unterstützt es auch die Eisenbahnunternehmen in allen Fragen des Eisenbahnwesens.
Seilbahnen
Seilbahnen werden in Seilschwebebahnen, Standseilbahnen und Schlepplifte unterschieden. In Baden- Württemberg werden derzeit elf Seilschwebebahnen (Kabinen- und Sesselbahnen), acht Standseilbahnen und rund 340 Schlepplifte betrieben. Das Ministerium für Verkehr ist Genehmigungsbehörde für den Bau und Betrieb von Seilschwebebahnen und Standseilbahnen (§ 9 Landesseilbahngesetz). Die Aufsicht über die Seilschwebebahnen und Standseilbahnen wird vom Regierungspräsidium Freiburg ausgeübt. Für die Schlepplifte sind Aufsichtsbehörden die unteren Verwaltungsbehörden (Landratsämter) oder Gemeinden mit Baurechtszuständigkeit.
Straßenbahnen
In Baden-Württemberg gibt es acht Straßenbahn- und ein O-Busunternehmen (Oberleitungsbus). Die technische Aufsicht über diese Unternehmen übt in Baden-Württemberg das Regierungspräsidium Stuttgart als sogenanntes „Vor-Ort-Präsidium" aus. Es unterrichtet das Verkehrsministerium über die betriebliche und technische Entwicklung der Straßenbahnen und O-Busse und unterstützt damit das Ministerium bei der Erfüllung seiner Aufgaben auf dem Gebiet des öffentlichen Personennahverkehrs (Normsetzung, Planung, staatliche Förderung und Fachaufsicht).
Infrastruktur der Deutschen Bahn
Die Netzsparte der Deutschen Bahn AG ist verantwortlich für den Bau und Betrieb des größten Teils des deutschen Schienennetzes (87,5 Prozent oder 33.378 Kilometer, Stand 2011). Als Staatsunternehmen erhält der Konzern vom Bundesverkehrsministerium Gelder für einen „Infrastrukturbeitrag des Bundes für die Erhaltung der Schienenwege der Eisenbahnen des Bundes". Weitere Mittel fließen für Baukostenzuschüsse für Investitionen (detaillierte Informationen über die jährlichen Mittel erhalten Sie unter www.bundeshaushalt.de).
Das Land finanziert nur in Ausnahmefällen Baumaßnahmen bundeseigener Eisenbahnen mit. Für die Neubaustrecke Stuttgart-Ulm, eigentlich ein Bedarfsplanprojekt des Bundes, zahlt es einen festen Zuschuss von 950 Millionen Euro. Auch bei der Elektrifizierung der Südbahn beteiligt sich das Land - es übernimmt die Hälfte der Investitionskosten.