In der Region am Oberrhein stießen die bisherigen Planungen der Deutschen Bahn AG vor allem wegen des Lärmschutzes und der Trassierung auf erhebliche Widerstände. Gegen die von der Bahn vorgelegten Pläne gingen bei der Anhörungsbehörde, dem Regierungspräsidium Freiburg, mehr als 172.000 Einwendungen ein.
Das Land und die Region am Oberrhein setzen sich deshalb für eine bessere Planung ein, die mehr Rücksicht auf Mensch und Umwelt nimmt. Über die erforderlichen Verbesserungen berieten Bund, Bahn, Land sowie Vertreter der Region und der Bürgerinitiativen im Projektbeirat Rheintalbahn. In diesem mehrjährigen Beteiligungsprozess wurde die ursprüngliche Antragstrasse der Deutschen Bahn zu einer umwelt- und menschengerechten Trassierung fortentwickelt: Offenburg enthält einen Güterzugtunnel; die Mehrkosten in Höhe von ca. 1,2 Mrd. Euro trägt der Bund. Südlich anschließend wird die Güterzugstrecke aus den Orten heraus an die Autobahn verlegt. Die Güterumfahrung Freiburg und die Trassierung im Markgräflerland werden verbessert und zwischen Müllheim und Auggen wird optimaler Lärmschutz sichergestellt. Darüber hinaus wird der Knoten Hügelheim kreuzungsfrei umgesetzt. Damit ist die Basis für eine Akzeptanz in der Region Südbaden und für eine zügige Umsetzung geschaffen. An den Mehrkosten beteiligt sich das Land mit insgesamt rund 400 Mio. Euro.
Als voraussichtlichen Fertigstellungstermin nennt die Deutsche Bahn 2035, mit Ausnahme der Ertüchtigung der Bestandsstrecke zwischen Offenburg und Riegel. Diese soll 2041 fertiggestellt sein.